Emergenza del Mycobacterium orygis

Cita questo articolo

La tubercolosi causata dal Mycobacterium orygis è stata rilevata in 2 cervi maculati provenienti da un santuario della fauna selvatica dell'India occidentale e in un bisonte indiano di un parco nazionale dell'India centrale. È urgentemente necessaria una sorveglianza a livello nazionale per chiarire l’epidemiologia del complesso Mycobacterium tuberculosis nell’interfaccia uomo-bestiame-fauna selvatica.

La tubercolosi (TBC) causata da Mycobacterium orygis è stata segnalata negli esseri umani, nei bovini e, raramente, negli animali selvatici in India (1–3). Riportiamo 3 casi di tubercolosi associata a M. orygis negli animali selvatici tra 85 decessi inspiegabili esaminati nell'ambito delle indagini sulla malattia nel periodo febbraio 2016-marzo 2020, che hanno rivelato anche casi di broncopolmonite suppurativa (n = 32), tubercolosi causata da M. tubercolosi o M. bovis (n = 29), polmonite verminosa (n = 9), granulomi fungini (n = 6) e neoplasie (n = 6).

Nel febbraio 2016, due cervi maculati adulti ruspanti (un maschio [caso 1] e una femmina [caso 2]) sono stati trovati morti nel Girnar Wildlife Sanctuary, Gujarat, nell'India occidentale. L'esame post-mortem ha rivelato noduli giallo pallido non uniformi, multifocali, coalescenti, incorporati nel parenchima polmonare con materiale bianco-giallastro caseato e fegato ingrossato e linfonodi mesenterici con noduli superficiali. Nel gennaio 2017, un bisonte maschio adulto emaciato (caso 3) è stato trovato morto nel Parco nazionale di Bandhavgarh, Madhya Pradesh, India centrale. Similmente al cervo, il bisonte presentava noduli caseosi bianchi di dimensioni variabili sulla pleura viscerale, sul parenchima polmonare superficiale e sui linfonodi polmonari.

Per indagare sull'agente eziologico, i tessuti dei polmoni, del fegato e dei linfonodi sono stati raccolti su ghiaccio e formalina tamponata neutra al 10% e trattati per l'istopatologia, la colorazione di Ziehl-Neelsen e l'isolamento della coltura. L'esame istopatologico di questi tessuti ha rivelato grandi granulomi con estesa necrosi caseosa e molteplici aree calcificate circondate da cellule epitelioidi, linfociti, cellule giganti e fibroblasti (più abbondanti nel caso 3). I bacilli acido-resistenti erano abbondanti (50–75/campo di immersione in olio), sia a livello extracellulare che all'interno dei macrofagi. Abbiamo coltivato tutti i campioni in triplicato in terreni Löwenstein-Jensen con glicerolo e in terreni Löwenstein-Jensen con piruvato di sodio, che hanno rivelato colonie umide, lisce e granulari (4). Lo screening primario degli isolati batterici mediante PCR multiplex a provetta singola che prende di mira l'rRNA 16S, specifico per il genere Mycobacterium, e i geni MPB70, specifici per i membri di MTBC, ha confermato che gli isolati erano MTBC (5). Abbiamo eseguito un'ulteriore PCR sui campioni positivi per MTBC per determinare la presenza o l'assenza di regioni genomiche di differenza (RD4 e RD9) utilizzando primer pubblicati (6); questo test ha indicato l'assenza di RD9 e la presenza di RD4, escludendo così la possibilità di M. tuberculosis, M. canetti, M. bovis o M. bovis BCG in tutti e 3 i casi.

Per determinare le specie esatte di MTBC coinvolte e le loro somiglianze genetiche con i ceppi che colpiscono il bestiame e gli esseri umani circolanti in India, abbiamo eseguito il sequenziamento dell'intero genoma accoppiato sulla piattaforma Illumina MiSeq (https://www.illumina.com). La presenza di marcatori genetici standard per M. orygis (RD1, RD4 e Rv044c) e l'assenza di RD9 e RD12 hanno confermato le nostre sequenze come M. orygis. Abbiamo presentato i dati dell'intero genoma generati al database del National Center for Biotechnology Information Sequence Read Archive con i nn. SRX15482219 (caso 1), SRX6969199 (caso 2) e SRX6969201 (caso 3).

Figura

Figura. Filogenesi degli isolati selvatici di Mycobacterium orygis appena sequenziati da 3 animali selvatici in India (stella nera, bisonte; stelle blu, cervo) e sequenze di riferimento. Il cerchio esterno mostra la distribuzione di...

Abbiamo confrontato filogeneticamente le sequenze generate in questo studio con altre sequenze disponibili di M. orygis. I modelli di ramificazione filogenetica suggeriscono che l'isolato del cervo maculato del caso 1 era geneticamente più vicino all'isolato recuperato dal bisonte (caso 3) rispetto all'isolato del cervo del caso 2 (Figura). La differenza media a coppie tra tutti gli isolati in questo studio è stata di 272; era 73 tra gli isolati. La diversità limitata osservata tra molti degli isolati appena descritti, compresi quelli recuperati dalla fauna selvatica in libertà, è degna di nota e richiede indagini future.